全国青少年科技创新大赛是由两个部分组成的：全国青少年科技创新大赛和全国青少年生物和环境科学实践活动。全国青少年生物和环境科学实践活动原名为“生物百项活动”，开始于1989年，由中国科协、教育部、国家环保总局和国家自然科学基金委员会主办，每两年一届，至今已经举办了六届。在已经举办的十届全国青少年发明创造比赛和科学讨论会中，有近2400名中小学生直接赴举办地参加了全国总评活动，共有近2000项青少年发明作品和1000多篇青少年学生撰写的论文获奖。
全国青少年科技创新大赛是全国青少年科技活动领导小组（由中国科协、教育部、共青团中央、全国妇联、国家体育总局领导组成）和国家自然科学基金委员会共同主办的。现已成为全国青少年科技活动序列中一项具有示范性和导向性的“重点工程”，受到了政府有关部门、科技界和教育界、学生和家长的普遍欢迎。它的基础是建立在中小学校、各级青少年科技中心和少年宫里形式多样的“发明活动小组”、“小发明俱乐部”、“青少年发明学校”、“青少年发明爱好者协会”。每年大约有1500万中小学生参加活动。
为适应时代的发展，使21世纪青少年科技教育活动更加适应未来后备人才培养的需要，更大限度地发挥现有教育资源的作用。全国青少年科技活动领导小组决定，从2002年开始，将 “全国青少年生物和环境科学实践活动”（已举办6届）与“全国青少年科技创新大赛（已举办10届）”进行整合，届数相加,命名为“全国青少年科技创新大赛”，并于2002年举办第17届。